中心在严格遵守南京邮电大学各项仪器设备管理制度的基础上，结合本中心实验室实际情况和特点，制定了《实验设备管理细则》、《实验设备和器材借用和归还管理办法》、《实验仪器设备使用及维修规定》等多项明确的规章制度。对所有仪器设备建立《固定资产表》，保证账、物相符率达100%；对低值易耗品及实验材料按照《实验耗材管理规定》设立账目，避免丢失与浪费。

实验室设备管理实行专人管理负责制，建立实验室日志，要求实验室技术人员每天对实验室进行巡查，发现故障及时维修或更换，并在每学期末对所有仪器设备进行一次全面保养和维护，也将此要求作为实验室和管理人员的考核指标之一，保证设备完好率达到99%，保障实践教学顺利进行。

同时，中心保证学校及学院下拨的维护经费专款专用、足额到位，有力保障高密度、大批次实验教学任务和经常性、大规模科技创新实践活动的顺利进行。