基于完善的组织架构，在教学指导委员会的指导下，实验教学团队和实验技术团队共同协作，建立了中心“一中心、二支撑、三专业、四部分”的创新合理的运行机制。

一中心——中心领导协调机制，中心领导对中心的建设和发展高度重视，具体策划、制定相关工作规定，梳理条目、拟定方案，从实际出发，统筹规划，合理设置，积极推进中心建设；

二支撑——实验教学与实验技术支撑机制，实验教学团队与实验技术团队教师相互支撑，通力合作，发挥各自优势，共同支撑中心发展；

三专业——专业教师配备机制，基于高分子材料与工程、材料化学与材料物理三个专业的侧重和优势，三个专业教研团队各自配备相关专业教师，成立导师团队，与实验团队人员配合，保障创新活动有序进行；

四部分——四个部分细分管理机制，根据中心运行特点和国家对信息化和实验室安全的要求，中心将实验技术团队细分为实验教学、大型仪器、虚拟仿真和安全四个部分，根据专业特长、基于术业专攻的理念，细分化管理中心不同方面的工作，保障中心日常事务的正常运行。

在“一中心、二支撑、三专业、四部分”的基础上，中心还配套实施了学生考核选拔机制、学生自我管理机制、实验室全开放机制等，鼓励学生主动学习，在学习中创新，在创新中发展，在发展中自我实现。